Bøgeholm Sø blev i det 16. århundrede opstemmet i forbindelse med etableringen af et vandkraftssystem til drift af møllerne ved Hellebæk. Søen tjente som vandreservoir for de to daværende hammermøller, indtil disse blev nedlagt kort efter 1864.
I denne periode blev vandet fra områderne omkring Holmene og Skindersø ledt gennem Bøgeholm Sø. Syd for Bøgeholm Sø fandtes endnu en reservoirdam, Stenvaddam. Man kan stadig finde resterne af denne dams dæmninger i skoven øst for skydebanen. Skindersø er siden blevet afvandet gennem Knudemoseløbet, således at Bøgeholm Sø nu kun modtager tilløb fra syd. Efter 1870 blev vandet fra Bøgeholm Sø benyttet i fabrikationsprocessen ved Hellebæk Klæde- og Tæppefabrik.
